The B.1.617 Storm is Coming to All the World

Screenshot from: https://nextstrain.org/groups/neherlab/ncov/20A.S.154K.S.478K?c=pango_lineage&f_pango_lineage=B.1.617.1,B.1.617.2,B.1.617.3&l=clock 

Some Relevant Links for Whatcom County:

https://www.msn.com/en-us/health/medical/whatcom-health-monitors-covid-outbreak-in-which-21-residents-employees-test-positive/ar-BB1gLdA7

https://vancouversun.com/news/local-news/covid-19-british-columbians-dont-yet-know-how-wide-spread-the-highly-contagious-b-1-617-variant-has-become

Search this article for the phrase: "fully vaccinated":

https://www.todayonline.com/singapore/new-covid-19-cases-may-16-21-learning-point-changi-airport-cluster

Read these pages and all the linked references:

https://covariants.org/variants/20A.S.154K
https://covariants.org/variants/20A.S.478K

We really don't have anything like the Brits have with Sanger Institute: https://covid19.sanger.ac.uk/lineages/raw?lineage=B.1.617.2&show=B.1.351%2CB.1.525%2CB.1.617%2CB.1.617.2%2CP.1%2Cother%2CB.1.1.7%2CB.1.177%2CB&date=2021-05-08&scale=quadratic&area=E07000155

Lists below from rdata.table code for the metadata download from: https://nextstrain.org/groups/neherlab/ncov/20A.S.154K.S.478K?c=pango_lineage&f_pango_lineage=B.1.617.1,B.1.617.2,B.1.617.3&l=clock

Note: Wikipedia is also covering these numbers: https://en.wikipedia.org/wiki/Lineage_B.1.617

P.strain <- fread("nextstrain_groups_neherlab_ncov_20A.S.154K.S.478K_Indian.variants.tsv"); 

colnames(P.strain) <- P.strain[,gsub(" ","",names(.SD))]

P.strain[PangoLineage %like% "B.1.617",.N,.(Country)][order(-N)]
           Country    N
 1:          India 1524
 2: United Kingdom  884
 3:            USA  286
 4:      Singapore  156
 5:        Germany  103
 6:      Australia   79
 7:        Denmark   39
 8:        Ireland   36
 9:    Switzerland   32
10:          Italy   29
11:          Japan   29
12:        Belgium   24
13:        Bahrain   22
14:         France   16
15:    New Zealand   13
16:    Netherlands   12
17:      Indonesia   10
18:       Portugal    9
19:          Spain    8
20:      Hong Kong    8
21:         Sweden    8
22:         Angola    7
23:          China    7
24:    South Korea    6
25:     Luxembourg    6
26:         Uganda    5
27:         Poland    5
28:         Russia    3
29: Czech Republic    3
30:         Mexico    3
31:         Jordan    3
32:          Aruba    3
33:         Norway    3
34:       Malaysia    2
35:   Sint Maarten    2
36:         Greece    2
37:     Guadeloupe    2
38:     Bangladesh    2
39:       Cambodia    1
40:       Thailand    1
41:   South Africa    1
42:        Romania    1
43:       Slovenia    1
44:        Austria    1
           Country    N
P.strain[PangoLineage %like% "B.1.617",.N,.(Country,PangoLineage)][order(-N)]
           Country PangoLineage   N
 1:          India    B.1.617.1 990
 2: United Kingdom    B.1.617.2 688
 3:          India    B.1.617.2 488
 4: United Kingdom    B.1.617.1 192
 5:            USA    B.1.617.2 179
 6:            USA    B.1.617.1 106
 7:      Singapore    B.1.617.2  92
 8:      Singapore    B.1.617.1  64
 9:      Australia    B.1.617.2  59
10:        Germany    B.1.617.2  53
11:        Germany    B.1.617.1  50
12:          India    B.1.617.3  46
13:        Ireland    B.1.617.2  27
14:          Italy    B.1.617.2  27
15:        Denmark    B.1.617.1  21
16:    Switzerland    B.1.617.2  21
17:      Australia    B.1.617.1  20
18:          Japan    B.1.617.2  20
19:        Denmark    B.1.617.2  18
20:        Belgium    B.1.617.2  18
21:        Bahrain    B.1.617.2  13
22:         France    B.1.617.2  13
23:    Switzerland    B.1.617.1  11
24:        Bahrain    B.1.617.1   9
25:        Ireland    B.1.617.1   9
26:          Japan    B.1.617.1   9
27:    New Zealand    B.1.617.2   9
28:      Indonesia    B.1.617.2   9
29:         Angola    B.1.617.1   7
30:       Portugal    B.1.617.1   7
31:      Hong Kong    B.1.617.1   7
32:          China    B.1.617.2   7
33:    Netherlands    B.1.617.1   6
34:        Belgium    B.1.617.1   6
35:    Netherlands    B.1.617.2   6
36:          Spain    B.1.617.2   6
37:    South Korea    B.1.617.1   5
38:     Luxembourg    B.1.617.1   5
39:         Poland    B.1.617.2   5
40: United Kingdom    B.1.617.3   4
41:    New Zealand    B.1.617.1   4
42:         Sweden    B.1.617.1   4
43:         Sweden    B.1.617.2   4
44:         Uganda    B.1.617.2   4
45: Czech Republic    B.1.617.1   3
46:         Jordan    B.1.617.1   3
47:         France    B.1.617.1   3
48:          Aruba    B.1.617.2   3
49:         Norway    B.1.617.2   3
50:          Italy    B.1.617.1   2
51:   Sint Maarten    B.1.617.1   2
52:          Spain    B.1.617.1   2
53:     Guadeloupe    B.1.617.1   2
54:       Portugal    B.1.617.2   2
55:         Mexico    B.1.617.2   2
56:     Bangladesh    B.1.617.2   2
57:         Russia    B.1.617.1   2
58:            USA    B.1.617.3   1
59:         Russia    B.1.617.3   1
60:       Malaysia    B.1.617.1   1
61:         Uganda    B.1.617.1   1
62:      Indonesia    B.1.617.1   1
63:         Greece    B.1.617.1   1
64:         Mexico    B.1.617.1   1
65:       Cambodia    B.1.617.1   1
66:       Thailand    B.1.617.1   1
67:         Greece    B.1.617.2   1
68:     Luxembourg    B.1.617.2   1
69:   South Africa    B.1.617.2   1
70:    South Korea    B.1.617.2   1
71:        Romania    B.1.617.2   1
72:       Slovenia    B.1.617.2   1
73:        Austria    B.1.617.2   1
74:      Hong Kong    B.1.617.2   1
75:       Malaysia    B.1.617.2   1
           Country PangoLineage   N

Note: Singapore collects high levels of genomic data. Singapore is very worried about B.1.617:

P.strain[PangoLineage %like% "B.1.617" & Country == "Singapore",.N,.(CollectionData)][order(-CollectionData,-N)]
    CollectionData  N
 1:     2021-04-28 10
 2:     2021-04-27  6
 3:     2021-04-26 12
 4:     2021-04-25  8
 5:     2021-04-24 13
 6:     2021-04-23  9
 7:     2021-04-22  9
 8:     2021-04-21  3
 9:     2021-04-20  6
10:     2021-04-19  6
11:     2021-04-18  4
12:     2021-04-17  7
13:     2021-04-16 11
14:     2021-04-15  5
15:     2021-04-14  4
16:     2021-04-13  1
17:     2021-04-12  6
18:     2021-04-11  3
19:     2021-04-10  3
20:     2021-04-09  4
21:     2021-04-08  1
22:     2021-04-07  3
23:     2021-04-06  1
24:     2021-04-05  2
25:     2021-04-04  2
26:     2021-04-03  2
27:     2021-04-02  1
28:     2021-04-01  4
29:     2021-03-31  1
30:     2021-03-30  3
31:     2021-03-28  1
32:     2021-03-26  1
33:     2021-03-25  1
34:     2021-03-22  1
35:     2021-03-21  1
36:     2021-02-26  1
    CollectionData  N

P.strain[PangoLineage %like% "B.1.617" & Country %like% "USA",.N,.(AdminDivision,Location)][order(-N)]
     AdminDivision             Location  N
 1:     California                      63
 2:     Washington                      38
 3:  Massachusetts                      28
 4:     New Jersey                      13
 5:          Texas                      13
 6:       Illinois                      12
 7:       New York        New York City 12
 8:       Colorado                      11
 9:        Florida                       7
10:       Michigan                       7
11:   Pennsylvania                       7
12:        Georgia                       7
13:       Maryland                       6
14:         Kansas                       6
15:     California   Santa Clara County  5
16:      Wisconsin                       5
17:       Virginia                       5
18: North Carolina                       5
19:       New York                       4
20:        Indiana                       4
21:      Tennessee                       4
22:      Wisconsin     Outagamie County  3
23:           Utah                       2
24:           Ohio                       2
25:      Wisconsin          Dane County  2
26: South Carolina                       2
27:      Minnesota                       2
28:  Washington DC                       1
29:       Missouri                       1
30:       Delaware               Smyrna  1
31:       New York            Manhattan  1
32:         Oregon Washington County OR  1
33:       Oklahoma                       1
34:       New York       Suffolk County  1
35:       New York        Queens County  1
36:  West Virginia                       1
37:        Montana                       1
38:  New Hampshire                       1
     AdminDivision             Location  N